Nguyễn Thời Trung, vào năm 2019, đã được tạp chí khoa học và sinh học (tạp chí PLoS Biology) của Mỹ vừa bình chọn vào danh sách 100.000 nhà khoa học hàng đầu thế giới. Việc xếp hạng của PLoS Biology được căn cứ vào cơ sở dữ liệu của gần 7 triệu tác giả, nhà khoa học trong gần 60 năm trên toàn thế giới. Ngoài giáo sư Trung, danh sách này 2019 còn có hai nhà khoa học của Việt Nam nằm trong số 100.000 nhà khoa học hàng đầu thế giới, gồm giáo sư tiến sĩ khoa học Nguyễn Đình Đức (Đại học Quốc gia Hà Nội) và phó giáo sư Trần Xuân Bách (Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên gia nghiên cứu về y tế cộng đồng).[2]

Trước đó, vào năm 2018 Giáo sư Nguyễn Thời Trung cũng đã được vinh danh là một trong 4 nhà khoa học xuất sắc quốc tế nhận giải thưởng Giải thưởng Khoa học Trường Đại học Tôn Đức Thắng (TDTU PRIZE)[4] Để giành giải thưởng này, anh đã vượt qua 62 ứng viên quốc tế đến từ nhiều quốc gia và vùng lãnh thổ như Mỹ, Nhật Bản, Trung Quốc, Đài Loan, Pháp, Nga, Bỉ. Giải thưởng này xét duyệt dựa trên 3 tiêu chí quan trọng: Năng suất và chất lượng nghiên cứu khoa học (thể hiện qua số công trình công bố quốc tế, tác động của tập san khoa học, vai trò và đóng góp của tác giả trong các công trình nghiên cứu đã công bố); Tầm quan trọng và cách tân trong nghiên cứu khoa học (thể hiện qua phương pháp, đánh giá của chuyên gia và kết quả triển khai trong thực tế); Tầm ảnh hưởng của nghiên cứu khoa học (được đánh giá qua các chỉ số trắc lượng khoa học như: tần số trích dẫn, vai trò lãnh đạo trong các hội nghị và xã hội).[4]